|
| |
|
|  |
https://doi.org/10.15407/ukrbotj75.06.564
Хьопке Я., Брюер Г., Додсворт С., Ортіс Е.М., Альбах Д.К.
Виділення ДНК зі старих гербарних зразків представників Veronica subgen. Pseudolysimachium (Plantaginaceae)
Резюме Гербарні зразки стали важливим джерелом інформації для молекулярних досліджень біорізноманіття, і навіть виник термін «гербарна геноміка». Проте, отримання хороших зразків ДНК зі старих гербарних зразків все ще є складним завданням. На даний час методи екстракції ДНК зі старого гербарного матеріалу часто дозволяють отримати лише деградовану або фрагментовану ДНК. Такі методи обговорювалися у багатьох дослідженнях, зокрема, щодо вирішення проблеми подальшої фрагментації ДНК. Метою нашого дослідження було порівняння різних методів екстракції ДНК зі старих гербарних зразків представників Veronica subg. Pseudolysimachium. Один з цих методів – екстракція ДНК на основі CTAB (цетилтриметиламоній бромід або цетилтриметилбромід амонію) з наступним очищенням за допомогою парамагнітних гранул, що використовується у Лабораторії Джодрелла у Королівському ботанічному саду К’ю (Велика Британія). Цей метод порівнювався з модифікованою методикою NucleoSpin Plant II на основі силікагелевих колонок, що використовувалася у Технічному університеті Мюнхен-Фрайзінг (Німеччина) і була успішно застосована для отримання ДНК з типового зразка гербарію К. Ліннея. Проводилися подальші тести з вибіркою зразків щодо впливу часу інкубації на методику виділення ДНК за допомогою CTAB. Наші попередні результати свідчать, що CTAB-метод екстракції ДНК може мати певні переваги у конкретних випадках, але також вказують на те, що методи на основі силікагелевих колонок мають менше проблем із забрудненням полісахаридами та поліфенольними сполуками. Ми не виявили певної закономірності щодо часу інкубації, але розробили декілька ідей про те, як рухатися далі з експериментами для виявлення оптимальної методики екстракції ДНК для зразків, що містять фрагментовану ДНК. З практичного погляду, метод на основі колонок виглядає кращим, особливо тоді, коли є потреба зменшити кількість тканини листків. Проте, слід розробляти подальші вдосконалені модифікації обох методів.
|
